В премиерния епизод на сезон 2 Декстър открива, че не е способен да убива повече след потискащия край на случая с Убиеца с камиона за лед, след което нарушава личния си кодекс на поведение и това води до катастрофални последствия. Дебра се връща на работа, но май не е готова за това.

Декстър продължава да върви по следите на своята опасна нова жертва. Травмирана Дебра не сдържа нервите си на работното място. Високопоставен агент на ФБР пристига в Маями, за да разследва нов сериен убиец – Касапина от Бей Харбър.

Внезапния блокаж на Декстър по линия на прикриването на собствените си следи, го кара да набележи за следваща жертва един изкусен измамник. Междувременно Рита подозира, че Декстър има проблеми с наркотиците и го кара да се запише в 12-степенна програма за рехабилитация. Там той среща изкусителната Лила.

Рита се чувства заплашена от появата на новия секси ментор на Декстър по пътя му към отказването на наркотиците. За капан на всичко на гости идва майка й, с която Рита отдавна не поддържа връзка. Същевременно Декстър се опитва да отклони старателния и интелигентен агент на ФБР Лънди от кървавата следа, по която е поел.

Декстър открива, че мъжът, който е убил собствената му майка пред очите му, е все още жив и се среща с него като част от рехабилитационната си програма. Обаче така открива, че старите навици наистина умират трудно.

Нов сериен убиец открито копира методите на Касапина от Бей Харбър и твърди, че е негов ученик. Притесненият Декстър попада в обятията на Лила и подобно развитие на нещата може да означава край на връзката му с Рита.

Манифест, написан от Касапина от Бей Харбър, хвърля в тотално объркване полицаите, работещи по случая. Това е добре дошло за плана на Декстър да отклони Лънди, който методично върви по следите му.

Декстър решава, че Лила се е привързала твърде много към него и се усъмнява в успеха на програмата за отказване от зависимости, в която се е записал. Докато той посещава още веднъж убиеца на майка си, Дебра и Лънди откриват улика, според която Касапина от Бей Харбър от самото начало е бил под носа им.

Декстър се опитва да се дистанцира от Лила, но открива, че тя няма така лесно да се откаже от връзката им. Разследването на Лънди изнервя Декстър, който трябва да е винаги поне на една крачка напред. За зла участ най-големият враг на Декстър научава тайната му.

Светът на Декстър започва да се срутва, когато Доукс го проследява до местопрестъплението и открива една ужасяваща тайна за Хари. Полицията на Маями е на път да залови Касапина от Бей Харбър.

Декстър трябва да се пази от куршумите – и в преносния, и в съвсем реалния смисъл – когато бива принуден да решава съдбата на най-близките си. Лила се опитва да го шантажира и прави изненадващо откритие, което ще промени естеството на връзката им.

В последния епизод от втори сезон Лънди и ФБР приключват веднъж завинаги случая с Касапина от Бей Харбър, но заплахата за Декстър все още не е отминала и животът му се превръща съвсем буквално в ад. Дали ще може да се възроди като феникс от пепелта за пореден път?