В първия епизод от сезон 3 животът на Декстър като че ли се е върнал в обичайното си русло. Поне до момента, когато той взема на мушка наркопласьор. Същият е държан под око и от помощник-областния прокурор Мигел Прадо. Върху Дебра е оказан натиск да доносничи за новия си партньор.

Всяко ченге в Маями има задача да намери беглеца Фрийбо, който е обвинен в убийството на по-малкия брат на помощник-областния прокурор Мигел Прадо. Декстър и Рита се приближават на още една крачка до вземането на важно решение за своето семейство.

Декстър се среща с още един безмилостен престъпник, който е педофил. Въпреки убийството е приписано на Фрийбо, Декстър знае истината. Той се опитва да се бори със засилващата се симпатия, която изпитва към Мигел.

Декстър полага сериозни усилия, за да убеди Рита, че предложението за брак, което й е направил е не само романтично, но и сериозно. Отмъстителният втори брат на Мигел Рамо издирва отчаяно убиеца на техния брат без да знае, че той вече е убит от Декстър.

Декстър чува историята на съпруг, който е успял да се измъкне от убийството на две свои съпруги с цел финансова изгода и проследява убиеца до Бимини. Рита трябва да бъде приета по спешност в болница, а Декстър е изчезнал.

Декстър подпитва Мигел, за да разбере дали приятелят му е успял да разкрие неговата тайна. Междувременно Рита е уволнена и започва да се чуди дали някога въобще ще има успешна кариера.

Декстър започва да работи с Мигел, но разногласията между тях започват почти мигновено при избора на потенциална нова жертва. Рита открива, че съпругата на Мигел го подозира в изневяра. Стара приятелка на Декстър го моли за помощ, за да сложи край на живота си.

Декстър се опитва да въведе Мигел в Кодекса, но скоро осъзнава, че така най-много да убие хъса му за кръвопролития. Дебра е на път да открие Скинър, но разкрита тайна свързана с Антон го кара да тръгне отново на път.

Приятелството между Декстър и Мигел е в криза. Рита се опитва да притисне Мигел, като постави ребром въпроса за евентуалната му изневяра. Тя търси отчаяно Антон, когато става ясно, че е отвлечен от Скинър.

Декстер и Мигел се борят за надмощие, което поражда поредица от наподобяващи игра на шах ходове. Мигел разтопява сърцето на Рита със скъп сватбен подарък. Дебра се чуди дали връзката й с Антон си струва усилията.

Декстър трябва да намери начин да се отърве от Мигел, въпреки че приятелят му е високопоставен областен прокурор (и кум на Декстър). Рита открива, че Мигел се вижда със свое старо гадже, а Дебра се натъква на нова улика за истинската самоличност на Скинър.

В последния епизод от третия сезон Декстър се опитва да успокои емоционално лабилния Рамон, след като е успял да разкара Мигел от играта. Дебра е на път да получи детективската си значка, но същевременно е зашеметена от информация, която може да попречи на повишението, което очаква.