Новият екип поема случай на убийство на старши офицер и Гибс научава, че Зива е ранена в бомбен атентат, свързан със случая, а Леон е бил замесен в задачата ѝ под прикритие.

На борда на самолетоносач "Сийхоук" Тони открива, че военноморски лейтенант се е самоубил, като е скочил във водата, а когато Макгий и Зива отиват да уведомят съпругата му, я заварват пребита до смърт.

Открит е трупът на жена-лейтенант, простреляна в тила, а подозренията падат върху виден американски сенатор, който е служил в пехотата с Гибс.

Екипът разследва случай на опит за убийство на старши офицер, който е в критично състояние в болницата, а Тони, Макгий и Аби научават, че мъжът е от родния град на Гибс.

Екипът е повикан за разследването на случай на мъж, който е намушкан до смърт в гаража си, и Тони и Гибс разпитват бивш пехотинец на име Кейл, чиито отпечатъци са намерени на местопрестъплението, но става ясно, че той е под защитата на ФБР.

Гибс и екипът издирват кибер сериен убиец, който прави видеозаписи на жертвите си.

Екипът разследва смъртоносен банков обир, а един от новобранците в отдела по измами, специален агент Дуейн Уилсън, им помага.

Гибс изпраща Динозо и Зива със задача да проникнат в строго секретна военна база, като им казва, че изпробват защитата на съоръжението, но след опит за влизане екипът попада на шокиращо откритие.

Агент Лий се превръща в неволен участник в предотвратяването на кражба на план за защита, като екипът я използва за стръв, за да заловят нейния съучастник - Тед Банкстън, който твърди, че член на неговото семейство е държан като заложник.

Екипът разследва смъртта на старши офицер, загинал в автомобилна катастрофа, но агентите подозират убийство. Те смятат, че смъртта е свързана с боен клуб, но жертвата се оказва убита от мъж, който е изнудван от друг престъпник.

Отпечатъците на предполагаемия покойник Нед Куин са намерени на местопрестъплението на двойно убийство. Куин твърди, че е невинен и че е бил в гаража, където е работел за жертвите по времето, когато са били убити.

По време на разследването на убийството на пехотинец, чийто скелет е бил намерен, Макгий се отправя към женския затвор с надеждата да се сдобие с писмено признание, но избухва бунт и затворниците завземат контрола над сградата.

По време на разследване на смъртта на моряк, цивилна жена напада Дъки и го намушква в ръката със същото оръжие, използвано при убийството, докато Гибс и екипът се ровят в миналото на моряка в търсене на улики.

Екипът разследва убийството на морски капитан и разбират за възможни изменнически действия, които той е извършил и може би са довели до смъртта му. През това време Макгий среща жена на име Клеър в интернет, но се оказва, че всъщност това е Динозо.

Младежи откриват в дома му мъртъв пехотинец, като при разследването става ясно, че той е имал бандитско минало.

Лейтенант от флота е открит мъртъв в голям куфар в луксозен хотел, но той е бил свидетел в разследване по времето, когато Тони е ръководел екипа преди няколко години, и затова Гибс му прехвърля разследването.

Убит е агент Джак Патерсън, с когото Аби е трябвало да се срещне. С помощта на картина, която той ѝ е изпратил, и визитка на служител на Националната агенция за сигурност, екипът открива в пустинята жена, която може би разполага с някои отговори.

Гибс задълбава в миналото на Ванс, след като директорът използва екипа за разследване на убийството на свой приятел. Междувременно става ясно, че Тони е бил в застой с жените след раздялата си с Жана Беноа.

Сред вещите на сина на флотски командир е намерен револвер и нещата се усложняват още повече, когато Аби открива по оръжието следи от човешки мозък, разкриващи, че то е било използвано за множество убийства.

Когато потайният агент на ЦРУ Трент Корт моли за услуга, Гибс приема да се срещне с него в изоставен склад, но при пристигането си заварва агента с двама мъртви мъже, за които той твърди, че са се застреляли взаимно преди идването му.

Учен на правителството изчезва и Аби е призована от ръководителя на проекта да поеме работата му, но екипът се опасява, че те може да бъде сполетяна от същата участ като тази на нейния предшественик.

Гибс и Макгий летят за Лос Анджелис, за да работят по специален проект - разгадаването на убийство на морски офицер и евентуалното разкриване дали то има нещо общо с членовете на спяща терористична клетка.

С появата на агента на Мосад Майкъл Ривкин, Тони е принуден да постави под съмнение лоялността на Зива, докато специален агент Калън влиза под прикритие, за да разкрие терористична клетка.

След като пробив в сигурността води до смъртта на агент, Гибс и екипът са принудени да работят с ФБР, за да открият убиеца, докато Тони най-сетне се изправя лице в лице с Майкъл Ривкин и се опитва да го арестува.

Ривкин умира от раните си в болница, а апартаментът на Зива е разрушен от експлозия и екипът заминава за Израел, призовани по настояване на Илай Давид, влиятелният директор на Мосад.